Ну... С негативностью - это вы поспешили...

Толковый словарь русского языка Ушакова:

САМОДУ'Р, а, м. (неодобрит.).

Человек, руководящийся в своем поведении по отношению к другим людям исключительно личным произволом, прихотями. Самодур — это называется, коли вот человек никого не слушает, ты ему хоть кол на голове теши, а он всё своё. А. Островский. [Слово стало в ходу после комедий Островского.]

Даль: (слово СВОЙ):

"Своедуром дошел, самодуром, своим глупым умом придумал."

То есть слово может до островского было не таким уж и отрицательным. Просто самостоятельное непохожее на других мышление считается дурью...

Есть еще версия происхождения фамилии:
При властвовании царицы Екатерины был бунт и царица решила выслать бунтарей из столицы.  Выселенных прозвала Екатерина дураками  и самодурами , поэтому в курской области много деревень Дураково  и Самодуровка.